Ban Kiểm tra Hiệp hội gồm: Trưởng ban, Phó Trưởng ban và một số ủy viên do Đại hội bầu ra. Số lượng, cơ cấu, tiêu chuẩn ủy viên Ban Kiểm tra do Đại hội quyết định. Nhiệm kỳ của Ban Kiểm tra cùng với nhiệm kỳ Đại hội.
Đại hội Hiệp hội các đô thị Việt Nam lần thứ V vào tháng 9 năm 2022 tại thành phố Việt Trì, tỉnh Phú Thọ đã bầu Ban Kiểm tra khóa V, nhiệm kỳ 2022-2027 gồm 5 đô thị:
1. Thành phố Phủ Lý - Trưởng Ban
2. Thành phố Tuyên Quang - Ủy viên
3. Thành phố Bắc Giang - Ủy viên
4. Thành phố Hưng Yên - Ủy viên
5. Thành phố Hà Tĩnh - Ủy viên
BAN KIỂM TRA HIỆP HỘI CÁC ĐÔ THỊ VIỆT NAM KHOÁ I, NHIỆM KỲ 2001 - 2006
1. Thành phố Vinh - Trưởng Ban
2.Thành phố Hải Dương - Ủy viên
3. Thành phố Sóc Trăng - Ủy viên
BAN KIỂM TRA HIỆP HỘI CÁC ĐÔ THỊ VIỆT NAM KHOÁ II, NHIỆM KỲ 2006 - 2011
1. Thành phố Vinh - Trưởng ban
2. Thành phố Bắc Giang - Ủy viên
3. Thành phố Cà Mau - Ủy viên
BAN KIỂM TRA HIỆP HỘI CÁC ĐÔ THỊ VIỆT NAM KHOÁ III, NHIỆM KỲ 2011 – 2016
1. Thành phố Thái Nguyên - Trưởng ban
2. Thành phố Bắc Giang - Ủy viên
3. Thành phố Hà Tĩnh - Ủy viên
4. Thành phố Ninh Bình - Ủy viên
BAN KIỂM TRA HIỆP HỘI CÁC ĐÔ THỊ VIỆT NAM KHOÁ IV, NHIỆM KỲ 2016 - 2022
1. Thành phố Nam Định - Trưởng ban
2. Thành phố Bắc Giang - Ủy viên
3. Thành phố Hà Giang - Ủy viên
4. Thành phố Hà Tĩnh - Ủy viên
5. Thành phố Ninh Bình - Ủy viên